锅炉布袋除尘器应用的缺点包括滤袋损坏、运行成本增加、维护难度大等。这些缺点可能会影响设备的长期稳定运行和整体效率。以下是具体分析：

滤袋损坏：烟气中水分较多或者所携粉尘有较强的吸湿性，容易导致滤袋黏结，堵塞滤料，降低除尘效率。为保证袋式除尘器正常工作，必须采取必要的保温措施以保证气体中的水分不会过低导致结露。

运行成本增加：为保证袋式除尘器的正常工作，必须采取保温措施以保证气体中的水分不会过低导致结露，这会增加系统的能耗，从而增加运行成本。

维护难度大：处理高温、高湿或者有爆炸风险的气体时，清灰过程可能会带来更大的挑战，增加了维护的难度和复杂性。

二次污染问题：虽然布袋除尘器具有很高的除尘效率，但在处理含有腐蚀性或有毒物质的气体时，可能会产生二次污染问题。

初始投资较高：相较于其他类型的除尘器，布袋除尘器的初始投资相对较高。对于一些预算有限的项目，这可能是一个需要考虑的因素。

占地面积大：由于布袋除尘器的结构较大，占用的空间也相应较多，这可能会影响到锅炉或其他设备的布置和空间利用。

对温度和湿度敏感：布袋除尘器对温度和湿度的变化较为敏感，过高或过低的温度以及过多的水分都可能导致设备故障或性能下降。

可能的安全隐患：在某些特定工况下，如处理易燃易爆气体时，布袋除尘器的设计和运行需要特别注意，以确保系统的安全性。

总的来说，锅炉布袋除尘器虽然在许多工业场合中表现出色，但也存在一些应用上的挑战。通过采取相应的预防和维护措施，可以最大限度地减少这些缺点对设备性能和运行的影响。