锅炉脱硫除尘器虽然在控制二氧化硫排放方面发挥了重要作用，但也存在一些弊端。具体如下：

设备投资成本高：锅炉的烟气脱硫除尘系统需要较高的初期投资，包括购买设备、安装调试等费用。这对于许多中小型企业来说可能是一个较大的财务负担。

运行维护成本高：脱硫除尘设备的运行和维护也需要投入一定的资金和人力。例如，定期清洗或更换滤袋、监测设备性能等都需要额外的费用。

技术限制：尽管锅炉脱硫除尘器可以有效地去除大部分的二氧化硫，但其脱硫效率通常较低，尤其是在燃用高硫煤时，为了达到理想的脱硫效果，可能需要使用大量的脱硫剂，如稀(浓)液或碱抽提段碱性废水，这会导致烟气带水严重、酸腐蚀及管道结垢等问题。

电磁辐射问题：锅炉脱硫除尘器在运行时可能会产生较多的电磁辐射，这对操作人员的健康构成潜在风险。特别是当采用干湿结合脱硫除尘的方法时，两套系统的组合使用可能进一步增加了对工作人员健康的影响。

二次污染风险：如果处理不当，锅炉脱硫除尘器还可能引发二次污染问题，如酸性气体泄漏到环境中，对环境造成新的污染。

总的来说，锅炉脱硫除尘器虽然在环保方面具有重要意义，但在实际应用中也存在一定的局限性和挑战。在选择和使用锅炉脱硫除尘器时，需要综合考虑各种因素，确保其既能满足环保要求，又能保证经济性和可靠性。