正压除尘系统的缺点主要包括以下几点：

设备成本高：由于正压除尘系统需要使用高质量的风机和过滤设备，其初始投资成本相对较高。这可能会增加企业的经济负担，特别是在预算有限的情况下。

能耗问题：正压除尘系统在运行过程中，风机需要持续工作以维持正压状态，这可能导致较高的能耗。长期来看，这将增加企业的能源成本，对节能减排目标的实现也带来一定压力。

安全风险：正压除尘系统在处理易燃易爆粉尘时，需要特别注意安全风险。如果粉尘在设备内部积聚并达到一定浓度，可能会引发爆炸事故。对于这类粉尘的处理，需要采取额外的安全措施，如定期清理、控制粉尘浓度等。

维护要求：正压除尘系统需要定期进行清灰和检查，以确保设备的正常运行和除尘效果。这对于维护团队提出了较高的要求，增加了维护工作量和难度。

环境影响：在一些特殊环境下，如高温、高湿或有腐蚀性气体的场所，正压除尘系统的材料选择和设计需要特别考虑，以适应这些环境条件。否则，可能会导致设备腐蚀、老化或损坏，影响系统的除尘效果和使用寿命。

系统复杂性：正压除尘系统涉及到进风、过滤、清灰、排风等多个环节，系统较为复杂。这就要求操作人员具备一定的专业知识和技能，以确保系统的正确操作和高效运行。

空间占用：正压除尘系统需要一定的安装空间，对于空间有限的场所来说，可能会受到限制。特别是在城市地区或室内环境中，空间资源紧张，系统安装可能需要进行特殊设计和规划。

噪音问题：由于风机等设备的运行，正压除尘系统可能会产生一定的噪音。这对于周围环境和人员的生活和工作可能带来一定的影响。在系统设计和安装时，需要考虑噪音控制措施，如采用隔音材料、合理布局等。

正压除尘系统虽然具有许多优点，但在实际应用中也存在一些不足之处。在选择和设计正压除尘系统时，需要充分考虑这些缺点，并采取相应的措施加以解决或减轻其影响。