长压短抽通风除尘系统虽然在煤矿等地下工程中具有显著的优点，但也存在一些缺点，主要包括以下几点：

系统复杂性：长压短抽通风除尘系统的设计和实施较为复杂，需要精确的风量控制和风流组织。这要求高水平的专业知识和经验，以确保系统的有效运行。

初期投资大：建设长压短抽通风除尘系统需要较大的初期投资，包括购买设备、施工和安装等费用。这可能对一些经济条件有限的矿井构成财务负担。

维护成本：虽然系统设计旨在降低长期运营成本，但仍需定期维护和更换部件，以保持系统的高效运行。这增加了额外的维护成本。

管理要求：该系统的有效运行依赖于严格的管理和维护制度。任何疏忽都可能导致系统效率下降，甚至影响矿井的安全生产。

适应性问题：尽管长压短抽通风除尘系统具有强大的适应性，但在一些特殊地质条件或极端环境下，其性能可能会受到影响，需要进一步的调整和优化。

技术更新：随着科技的进步，可能需要对现有系统进行技术升级，以适应新的环保标准和安全要求。这可能意味着额外的技术更新成本。

环境影响：在一些情况下，通风除尘系统的运行可能对周围环境产生影响，例如噪音污染或对周边生态系统的干扰。这要求采取相应的环境保护措施。

培训需求：操作和维护长压短抽通风除尘系统需要专业的培训，以确保工作人员能够正确操作和处理突发情况。

应急响应：在紧急情况下，如火灾或瓦斯爆炸，系统可能需要迅速调整以应对变化，这要求有高效的应急响应机制和预案。

长压短抽通风除尘系统在提供有效通风除尘的同时，也带来了一定的挑战和成本。矿井在选择和实施该系统时，需要综合考虑其经济、技术和环保因素，以确保系统的长期可持续运行。